ISO14001环境管理体系的审核程序可以分作为4步走：
**步：受理申请方的申请，申请方首先要根据自己各方面的因素来选择认证机构，然后提出环境管理体系认证的申请，当认证机构在收到申请书以后会对申请文件进行审查如果符合要求，认证机构会与申请方签订管理体系审核/注册合同。
**步：机构对环境管理体系进行审核。这一个环节是审核过程中*为重要的一步，在认证机构正式受理ISO14001申请之后会专门成立一个审核小组，对申请方进行审核，这个审核主要分作三步：1是对申请方提交的准备文件进行详细的审查，2就是在完成上一步之后，机构或是审核小组会制定一个审核计划，通知并征求申请方的意见，双方同意之后，审核组就会对申请方进行现场审核。现场的审核主要是判别申请方建立的环境管理体系和ISO14001标准是否相符合。3申请方向认证机构递交审核材料进行跟踪审核。
第三步：审批并颁发文件证书。审核组或是认证机构对申请方的材料进行复查，认证机构将编制并发放证书，将该申请方列入获证目录。
第四步：认证机构对申请方进行监督，以保证该环境管理体系符合ISO14001标准要求。